متن پیام رهبر معظم انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم‌ا... الرحمن الرحیم
رحلت عالم ربانی و سالک الی ا... آیت‌ا... آقای حاج شیخ محمدعلی ناصری رحمه‌ا... ‌علیه را به عموم مردم اصفهان و به همه‌ ارادتمندان و مستفیدان از فیوضات آن مرحوم و بالخصوص به فرزندان محترم و مکرم ایشان تسلیت عرض می‌کنم. این عالم بزرگوار و معلم اخلاق، وظیفه‌ بزرگ تزکیه و نشر معارف اخلاقی اسلام را تکلیف خویش دانسته و با بهره‌‎مندی از خشیت و خضوع دل نورانی خود، بیان اثرگذار و نافذی را در این جهت به کار می‌بردند؛ رحمت و رضوان خدا بر ایشان باد. از خداوند متعال قبول خدمات و مغفرت الهی را برای ایشان مسألت می‌کنم.
سیدعلی خامنه‌ای  5 شهریور۱۴۰۱