در جلسه رای اعتماد محمد‌علی نیکبخت، وزیر جدید هم بر همین حساسیت‌ها تاکید شد. با وجود این‌که برخی نمایندگان برنامه نیکبخت را زیر سؤال بردند اما در نهایت با اجماع بالا به او رای دادند: 198 رای موافق، 40 رای مخالف و 10 رای ممتنع. از این وزارتخانه انتظار می‌رفت که با سرمایه‌گذاری روی بذرهای بهره‌ور، ارتقای فناوری‌های آبرسانی، نظارت هوشمند مزرعه تا خرده‌فروشی، استقرار صنایع تکمیلی، تامین مالی تولیدکنندگان، مدیریت دانش‌محور زنجیره‌های ارزش و... هزینه‌های تولید را کاهش  دهد و بر قیمت نهایی محصول تاثیر بگذارد. 
   
مقابله با تغییر کاربری اراضی
یکی از مهم‌ترین چالش‌های نیکبخت، تعیین تکلیف اراضی‌ای است که سند ندارند. زمانی که سید‌جواد ساداتی‌نژاد وزیر بود از سرعت شناسنامه‌دار نشدن اراضی و رفع تداخلات آنها گلایه داشت. رفع مشکلات هویتی اراضی کشاورزی و تداخلات آنها، می‌تواند از خرد شدن و تغییر کاربری آنها جلوگیری کند اما با وجود ممنوعیت تغییر کاربری اراضی و جرم‌انگاری آن، اراضی با گستردگی بالا در حال دست به دست‌شدن میان خرده‌مالکان و وراث و تبدیل به کاربری مسکونی هستند. البته در دولت سیزدهم شاهد رشد 12درصدی سنددار شدن اراضی کشاورزی هستیم. پیشتر رضا افلاطونی، رئیس سازمان امور اراضی کشور وعده داده بود تا پایان 1402، تداخلات اراضی به معنای اختلاف مردم با مردم و مردم با سازمان‌های دیگر بر سر مالکیت اراضی است، رفع می‌شود. با همه این احوال، تا پایان 1401 تنها 17درصد اراضی کشاورزی کشور صاحب سند شده بودند؛ رقمی که حاکی از بلاتکلیفی کشور در حوزه بهره‌برداری از زمین برای تولید کشاورزی است.
   
قیمت گندم و دردسر همیشگی 
با تعیین تکلیف وضعیت اراضی، کشت محصولات استراتژیک معنا پیدا می‌کند و به توسعه تولید غذا کمک می‌کند. با این حال، به‌دلیل خرد شدن زمین‌ها، کشت محصول استراتژیک گندم اهمیت خود را برای کشاورزان از دست داده است. خرد شدن اراضی، صرفه کشاورزی را از بین می‌برد؛ به‌ویژه در مورد محصولاتی که دولت خریدار و تعیین‌کننده قیمت آنهاست؛ از جمله مهم‌ترین
 آنها گندم. 
   
کاهش جمعیت کشاورزی
علیقلی ایمانی، رئیس بنیاد ملی گندم‌کاران، با انتقاد از رویه‌های حاکم در این بخش به جام‌جم گفت: «جمعیت کشاورزی ایران رو به کاهش و سن بهره‌برداران در حال افزایش است، در نتیجه جوان‌ها دیگر تمایلی به کار در این حوزه ندارند. اراضی به‌سرعت در حال کوچک‌تر شدن هستند که در نتیجه به‌کارگیری فناوری در این بخش به‌صرفه نیست.  صدای تشکل‌های بخش خصوصی در وزارتخانه باید شنیده شود. سه ماه است که تلاش می‌کنیم قیمت منصفانه گندم را اعمال کنیم اما آقای آقامیری در مقام سرپرست سابق وزارتخانه، به‌دنبال خروج اعضای بخش خصوصی از شورای قیمت‌گذاری گندم بود.

مساله مرغ، گوشت و لبنیات
قیمت مرغ و گوشت و وضعیت تولید آن، چالشی است که معاونت امور تولیدات دامی باید مورد رسیدگی قرار دهد. پرویز فروغی، دبیر کانون مرغداران کشور در این مورد به «جام‌‌جم» گفت: «از وزیر جدید جهاد کشاورزی انتظار می‌رود که تعیین قیمت نهاده‌های دامی را با وجود فراهم بودن شرایط ثبت سفارش به بازار نسپارد. درواقع، می‌خواهیم همان قیمت مصوب به دست مرغدار برسد. امروز دغدغه ما خرید نهاده از بازار است. در نتیجه قیمت مرغ نمی‌تواند قیمت مصوب باشد اما سازمان تعزیرات انتظار دیگری دارد. دغدغه دیگر تامین مالی و استمهال تسهیلات واحدهای مرغداری است. واحدهای مرغداری، توان پرداخت اقساط وام‌های خود را ندارند. دسته دیگری هم به تامین مالی نیاز دارند.» علی‌اصغر ملکی، رئیس اتحادیه گوشت گوسفندی هم به جام‌جم گفت: «پرورش دام، در حال از بین رفتن است. در این شرایط، صادرات و قاچاق دام وجود دارد و دامداری‌ها به انباری تبدیل شده‌اند. دامدار نیاز به حمایت دارد تا دامش را پرورش دهد، نه این‌که در اسرع‌وقت آن را تحویل کشتارگاه دهد. دامدار نیاز به واکسینه‌شدن دام و ماما دارد تا دامش را از دست ندهد.» وزیر جدید جهاد کشاورزی از حالا باید به فکر تولید و قیمت لبنیات هم باشد. سیدمحمدرضا بنی‌طبا، سخنگوی انجمن تولیدکنندگان فرآورده‌های لبنی در این مورد به جام‌جم گفت: «نامه 20 اردیبهشت ماه سرپرست وقت وزارتخانه در مورد افزایش قیمت شیر خام از 12 به 15 هزار تومان با وجود گذشت 40 روز هنوز تعیین تکلیف نشده است. سالی 27هزار میلیارد تومان زیان تنها از ناحیه همین اختلاف 3000 تومانی به تولیدکنندگان شیرخام وارد می‌شود.»