در پیام رهبر معظم انقلاب در پی ارتحال حضرت آیت‌الله العظمی شبیری مطرح شد
عالم محقق و ژرف‌اندیش
رهبر معظم انقلاب، ارتحال حضرت آیت‌الله‌العظمی شبیری رضوان‌الله‌تعالی‌علیه، فقیه عالی‌مقام و از محققان تراز اول شیعه را تسلیت گفتند.
متن پیام حضرت آیت‌الله سیدمجتبی خامنه‌ای به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
خبر تأسف‌بار ارتحال استاد معظم، فقیه عالی‌مقام حضرت آیت‌الله‌العظمی شبیری رضوان‌الله‌تعالی‌علیه واصل شد. این عالم بزرگوار همه عمر شریف خود به‌جز چند سال اول طفولیت را در مسیر تعلم و تعلیم و تحقیق گذراندند و همواره از سوی هم‌ترازان سنّی و دوره‌ای و اساتید به‌عنوان شخصی محقق و ژرف‌نگر قلمداد می‌شدند. تسلط ایشان بر فنون مختلف مربوط به استنباط احکام شرعی با ظرایف و لحاظ دقایق همراه بود. مجالس درس آن بزرگوار حتی وقتی که عدد حضار آن از چند نفر تجاوز نمی‌کرد، به‌عنوان مجالس تتبع و تدقیق شناخته می‌شد و بحق چنین بود. بحمدالله در حدود کمی بیش از سه دهه اخیر، عده زیادی این توفیق را یافتند تا از وجود مغتنم ایشان در حد ظرفیت خود بهره ببرند و برای محافل علمی و تدریس خود
توشه بردارند. محضر ایشان، محضر افاده و استفاده بود، حتی آن وقتی که قدم‌زنان بعد از درس به‌سوی بیت شریف می‌رفتند. غیر از وجهه مسلم علمی، رفتار متواضعانه و پدرانه ایشان با طلاب و فضلا هم امری مشهود و درس‌آموز بود. بی‌شک فقدان این شخصیت ممتاز، خللی در ردیف محققین تراز اول شیعه در عصر حاضر ایجاد نموده است که شاید جبران آن مدت‌ها به طول انجامد. بنده این مصیبت را به سرورمان عجل‌الله‌تعالی‌فرجه‌الشریف و حوزات علمیه و بالخصوص شاگردان و علاقه‌مندان و بالاخص بیت شریف عالم و فاضل‌پرور ایشان تسلیت عرض نموده و از محضر حضرت حق جلّ و علا، علو درجات برای آن بزرگوار مسألت دارم.
سیدمجتبی حسینی خامنه‌ای
۳۱/ شهریور/ ۱۴۰۵
بسم الله الرحمن الرحیم
خبر تأسف‌بار ارتحال استاد معظم، فقیه عالی‌مقام حضرت آیت‌الله‌العظمی شبیری رضوان‌الله‌تعالی‌علیه واصل شد. این عالم بزرگوار همه عمر شریف خود به‌جز چند سال اول طفولیت را در مسیر تعلم و تعلیم و تحقیق گذراندند و همواره از سوی هم‌ترازان سنّی و دوره‌ای و اساتید به‌عنوان شخصی محقق و ژرف‌نگر قلمداد می‌شدند. تسلط ایشان بر فنون مختلف مربوط به استنباط احکام شرعی با ظرایف و لحاظ دقایق همراه بود. مجالس درس آن بزرگوار حتی وقتی که عدد حضار آن از چند نفر تجاوز نمی‌کرد، به‌عنوان مجالس تتبع و تدقیق شناخته می‌شد و بحق چنین بود. بحمدالله در حدود کمی بیش از سه دهه اخیر، عده زیادی این توفیق را یافتند تا از وجود مغتنم ایشان در حد ظرفیت خود بهره ببرند و برای محافل علمی و تدریس خود
توشه بردارند. محضر ایشان، محضر افاده و استفاده بود، حتی آن وقتی که قدم‌زنان بعد از درس به‌سوی بیت شریف می‌رفتند. غیر از وجهه مسلم علمی، رفتار متواضعانه و پدرانه ایشان با طلاب و فضلا هم امری مشهود و درس‌آموز بود. بی‌شک فقدان این شخصیت ممتاز، خللی در ردیف محققین تراز اول شیعه در عصر حاضر ایجاد نموده است که شاید جبران آن مدت‌ها به طول انجامد. بنده این مصیبت را به سرورمان عجل‌الله‌تعالی‌فرجه‌الشریف و حوزات علمیه و بالخصوص شاگردان و علاقه‌مندان و بالاخص بیت شریف عالم و فاضل‌پرور ایشان تسلیت عرض نموده و از محضر حضرت حق جلّ و علا، علو درجات برای آن بزرگوار مسألت دارم.
سیدمجتبی حسینی خامنه‌ای
۳۱/ شهریور/ ۱۴۰۵