نفوذ یا در برخی موارد اتصال مستقیم فاضلاب‌های مسکونی و صنعتی به داخل قنوات و تخلیه غیرمجاز فاضلاب تانکرها از عوامل اصلی آلودگی قنوات متروکه استان به‌شمار می‌روند. وی حرکت فاضلاب به سمت مظهر در طول مسیر قنات را از دلایل آلودگی منابع خاکی عنوان کرد و گفت: با این اتفاق، آلودگی به منابع آب زیرزمینی نفوذ کرده و زمینه آلودگی منابع آب پایین‌دست را فراهم می‌کند. این مسئول با بیان این که فرآیند خودپالایی به‌‌دلیل جریان داشتن فاضلاب آلوده در مسیر قنات انجام نمی‌شود، تأکید کرد: از این‌رو، امکان سرایت آلودگی به آب چاه‌ها و منابع آب وجود دارد، چراکه گاهی آلودگی کیلومترها در طول مسیر قنات منتقل شده و در نهایت از طریق شکاف زمین یا خلل‌وفرج خاک، خود را به سطح آب زیرزمینی می‌رساند. معاون حفاظت و بهره‌برداری شرکت آب منطقه‌ای استان درباره اقدامات لازم برای جلوگیری از ورود فاضلاب و زباله به مسیر این قنوات نیز بیان کرد: مسدود نمودن درب میله چاه‌ها و آگاهی‌رسانی به عموم مردم در خصوص عدم تخلیه و اتصال فاضلاب به قنوات ازجمله اقدامات اجرایی در این حوزه است.