کودهای شیمیایی اگرچه سریع‌تر اثر می‌گذارند، اما با گذشت زمان می‌توانند میکرو ارگانیسم‌های مفید خاک را از بین ببرند و در طولانی مدت حتی مانع رشد گیاه می‌شوند.
کودهای شیمیایی بسیار گران‌قیمت هستند.
کودهای شیمیایی به محیط‌زیست و بافت و ساختار خاک آسیب می‌زنند.
در صورت استفاده بیش از حد از کود شیمیایی، خاک گیاه آسیب می‌بیند که گاهی ممکن است این آسیب‌ها جبران ناپذیر باشند.
مصرف زیاد کودهای شیمیایی در باغچه‌ها و وارد شدن آنها به آب‌های زیرزمینی خطرناک است.
کودهای طبیعی به کاهش زباله و پسماند کمک فراوانی می‌کند.
کودهای طبیعی از موادی به دست می‌آیند که در دسترس، بدون هزینه و ارزان‌قیمت هستند.
ساخت کود خانگی یک سرگرمی مفید و کارآمد است.
کودهای طبیعی دیر تجزیه می‌شوند، در نتیجه اثراتشان را به کندی در رشد گل و گیاه مشاهده می‌کنیم، اما زندگی سالم هزینه‌های این‌چنینی نیز دارد.
استفاده بیش از حد از کودهای طبیعی خسارتی جدی به گل‌های گلدان یا باغچه وارد نمی‌کند.