این‌كه چرا مجموعه مستند روزگار خمینی (ره) به برخی موضوعات و وقایع پرداخته و برخی‌های دیگر را كمتر مورد بررسی قرار داده، دلیلی است كه با مشاهده این مستند به آن بیشتر پی خواهیم برد. با این حال خلاصه برخی از این موضوعات به شرح زیر است:
 ابوالحسن بنی‌صدر: نفوذ و نقش ابوالحسن بنی‌صدر به عنوان نخستین رئیس‌جمهور جمهوری اسلامی ایران در روزهای بعد از پیروزی انقلاب بر كسی پوشیده است. از طرفی تخطئه و كارشكنی‌های او را هم در آن مقطع زمانی كشور و به ویژه ارتباطش با سازمان مجاهدین خلق نمی‌توان نادیده گرفت و بر این اساس او یكی از چهره‌های حاشیه‌ای و به‌شدت مورد بحث در سال‌های دهه 60 كشور است.
 سازمان مجاهدین خلق: سازمان مجاهدین خلق از جمله سازمان‌های فعال در سال‌های قبل از پیروزی انقلاب اسلامی بوده است. با این حال این سازمان در سال‌های بعد از پیروزی انقلاب تحت ریاست مسعود و بعد مریم رجوی، اقدامات خرابكارانه مختلفی انجام داده و به ضدیت با نظام جمهوری اسلامی ایران برآمد.
 تسخیر لانه جاسوسی: واقعه تسخیر لانه جاسوسی آمریكا از تاریخ 13 آبان 1358 با حمله تعدادی از فعالان دانشجویی پیرو خط امام به سفارت آن كشور آغاز شده و منجر به گروگان گرفته شدن 66 دیپلمات آمریكایی شد. این گروگانگیری كه 444 روز به طول كشید، در رسانه‌های داخل و حتی خارج از كشور به‌شدت مورد بازتاب قرار گرفت و در آن مدت كشورهای زیادی را برای حل این بحران درگیر خود كرد.