متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به شرح زیر است:
بسم‌الله الرّحمن الرّحیم
انا لله و انا الیه راجعون
خبر ارتحال مرجع عالی‌قدر، آیت‌الله حاج شیخ اسحاق فیاض (طاب‌ثراه)، موجب تأثر و اندوه فراوان گردید و حوزه‌های علمیه به‌ویژه حوزه مقدسه نجف اشرف را در سوگ نشاند. 
سال‌ها حضور در حوزه مقدسه نجف اشرف و کسب فیض از محضر بزرگان آن، ‌چون مرحوم آیت‌الله سیدابوالقاسم خویی (ره) و تربیت شاگردان و تألیف کتب و اشراف بر جریان علمی آن حوزه و ارشاد مؤمنین و مقلدان، تنها بخشی از خدمات وجود این فقیه بود که فراموش نخواهد شد و آثار صالحه آن باقی خواهدماند ان‌شاءالله. 
اینجانب این ضایعه مؤلمه را به حوزه نجف اشرف و عموم مقلدان و ارادتمندان آن مرجع فقید به‌ویژه به ملت مقاوم و نستوه افغانستان و خاندان معزز ایشان، تسلیت عرض نموده و از درگاه خداوند متعال برای آن فقید سعید، علو درجات و حشر با اولیای الهی، و برای بازماندگان صبر جمیل و اجر جزیل مسئلت می‌نمایم. 
سیدمجتبی حسینی خامنه‌ای
 ۲۱/خرداد/۱۴۰۵
گفتنی است مجلس ترحیم مرجع عالی‌قدر آیت‌الله حاج شیخ اسحاق فیاض، دیشب از طرف رهبرمعظم‌انقلاب اسلامی در قم برگزار شد.