این مراسم از ساعت ۹ صبح در مسجد دانشگاه تهران با تلاوت آیاتی از قرآن کریم آغاز شد سپس با ورود پیکر به صحن مسجد مراسم حال و هوای دیگری به خود گرفت. پس از آن موذنی، پیرغلام اهل بیت(ع) که قریب ۳۵ سال در مجالس استاد فاطمی‌نیا روضه‌خوانی داشت، به مرثیه‌خوانی پرداخت و ابیاتی نیز به زبان آذری خواند. پس از او، ایمان شمسایی، مدیرکل مطبوعات داخلی  وزارت‌ ارشاد، زیارت عاشورا خواند و نماز میت بر پیکر استاد فاطمی‌نیا به امامت حجت‌الاسلام صدیقی امام جمعه موقت تهران برگزار شد.
در ادامه، پیکر این استاد اخلاق روی دست مردم قدرشناس تهران حاضر در مراسم از مسجد خارج شد و روی کامیون پیش‌بینی شده قرار گرفت تا وارد سیل جمعیت حاضر در فضای دانشگاه تهران شود. در این هنگام رضا هلالی و ابراهیم رحیمی، مداحان اهل بیت(ع) روضه خواندند و مرثیه‌خوانی کردند تا مردم تهران با پیکر یکی از استادان برجسته اخلاق تهران وداع کنند. پیکر استاد فاطمی‌نیا با حضور خیل جمعیت حاضر در مراسم از دانشگاه تهران تا میدان فلسطین تشییع شد و در مسیر مردم با سینه‌زنی و ذکر «یا حسین» او را بدرقه کردند.  فرزند استاد فاطمی‌نیا به نقل از وی گفته بود بارها از پدر می‌خواستیم روضه شش ماهه کربلا را بخوانند و هربار سرباز می‌زدند، یک بار که علت را از ایشان جویا شدم، گفتند: من اگر روی روضه حضرت علی‌اصغر (ع) متمرکز شوم، می‌میرم. در مراسم تشییع به جهت این ارادت، رضا هلالی و ابراهیم رحیمی، روضه حضرت علی‌اصغر(ع) خواندند و مرثیه‌خوانی کردند تا مردم هم اشک بریزند و سینه‌زنی کنند.  پیکر استاد فاطمی‌نیا بلافاصله از تهران راهی قم شد و ‌‌از ساعت ۱۷ مراسم تشییع در این شهر با حضور مردم برگزار و در حرم حضرت فاطمه معصومه(س) به خاک سپرده شد.