ماجرا از هفتم مهرماه و زمانی آغاز شد که خانواده نیکا مفقودی او را به کلانتری اعلام کردند و دو روز پس از اعلام آن، جسد دختر نوجوان پیدا و تحویل خانواده‌اش شد. با پیدا شدن جسد نیکا و تعیین هویت او، گمانه‌ها در مورد علت مرگ آغاز و رسانه‌های معاند نیز با استناد به شرایط کشور، سعی کردند مرگ نیکا را به اغتشاشات نسبت دهند. در حالی‌که تلاش‌های مذبوحانه ادامه داشت، 13مهرماه محمد شهریاری، سرپرست دادسرای جنایی تهران درخصوص جزئیات پرونده این دختر نوجوان گفت: «‌ساعت 7 و 30 دقیقه روز چهارشنبه 30شهریور، ساکنان ساختمانی در چهارراه امیراکرم متوجه جسد خانم جوانی در حیاط منزل خود شدند و بلافاصله موضوع را به کلانتری منطقه اطلاع دادند. 
اکیپ‌های تخصصی صحنه به محل اعزام و متوجه شدند این خانم از ساختمان مجاور به حیاط این منزل پرتاب شده است که در آزمایش‌های کالبدشکافی و معاینه جسد، آثار شکستگی‌های متعدد در لگن، سر، اندام‌های فوقانی و تحتانی، دست‌ها و پاها و در رفتگی لگن مشاهده شد که نشان می‌داد فرد از بلندی پرت شده و طبق استعلام‌های گرفته‌شده هم مشخص شد فرد به پایین پرتاب شده است.»
همچنین برخلاف برخی اظهارات درخصوص این‌که نیکا با کسی قرار داشته است، در بررسی محتویات تلفن همراه و تماس‌ها مشخص شد نیکا با هیچ فردی در ساختمان رابطه نداشته و فردی هم او را تعقیب نمی‌کرده است. علاقه نیکا به حضور در ارتفاع و پیشنهاد او برای خودکشی از طریق سقوط از ارتفاع، دو نکته‌ای بود که در تحقیق از دوستان نیکا مشخص شد. با گذشت یک ماه از این ماجرا، اطلاعات جدیدی از نحوه فوت نیکا به دست آمد. بامداد 30 شهریورماه، مادر نیکا از ساعت 21 و 26 دقیقه تا 23 و 5 دقیقه چند پیام برای او فرستاد و گفت زود به خانه برگردد اما پیام‌های او بی‌جواب ماند تا ساعت 4 و 57 دقیقه و 48ثانیه بامداد 30 شهریور که نیکا در پیامی به مادرش گفت تقصیر هیچکس نبود. این پیام درست چند ساعت قبل از پیدا شدن جسدش توسط اهالی ارسال شده بود. 
خاله نیکا نیز 31 شهریور در پیامی‌ که نشان از نگرانی احتمالی درباره خودکشی نیکا دارد به او گفت: «نیکا عزیزم، نذار اشتباهات بقیه باعث بشن تو به خودت آسیب بزنی». نیکا همچنین با یک فروشنده قرص برنج نیز مکالمه اینستاگرامی داشت که نشان می‌دهد او تمایل به خودکشی داشته اما رسانه‌های معاند سعی کردند از نام او در پروژه کشته‌سازی استفاده کنند.