در پی در گذشت آیت‌الله شبیری زنجانی، سران قوا و مقامات لشکری و کشوری و همچنین مراجع عظام تقلید در پیام‌های جداگانه‌ای ارتحال این مرجع تقلید و عالم ربانی را تسلیت گفتند. 
دکتر مسعود پزشکیان، رئیس‌جمهور در پیام تسلیت خود با تاکید بر این‌که خبر درگذشت فقیه برجسته و عالم ربانی، حضرت آیت‌الله العظمی آقای ‌سیدموسی شبیری زنجانی(قدس سره)، موجب اندوه و تألم خاطر وی شده است، نوشت: آیت‌الله شبیری زنجانی، فقیهی ژرف‌اندیش، محققی سترگ در قلمرو علوم اسلامی به‌ویژه در زمینه فقه، حدیث، رجال و تاریخ و گنجینه‌ای از سیره و تجارب ارزشمند عالمان سلف بود که به وصف اخلاق‌مداری، مردم‌داری، رفق و مدارا و اهتمام به پیراستگی ذات دین از تحریف و خرافه سرآمد بود و به بیان نظرات روشنگرانه و خردپذیر، حریت و زهد در حوزه‌های علمیه و جامعه علمی ایران اشتهار داشت و از استوانه‌های علمی، تحقیقی و اخلاقی حوزه‌های علمیه معاصر به‌شمار می‌رفت. 
حجت‌الاسلام والمسلمین محسنی اژه‌ای، رئیس قوه قضاییه هم با انتشار پیامی ارتحال آیت‌الله‌العظمی شبیری زنجانی را فقدان و ثلمه‌ای بزرگ خواند و افزود: عمر مبارک ایشان مشحون از حسنات، با نامه‌ عمل سرشار از خیرات و مبرات بود. مجاهدت این بقیه‌السلف اعاظم در تعلیم و تعلم فقه آل محمد (علیهم السلام) زبانزد و چشمگیر بود. ایشان از نگهبانان امانت‌دار میراث اصیل و عریق تشیع و از استوانه‌های حوزه‌های علمیه و از برجستگان علمی و عملی مکتب نورانی فقه جعفری بودند. 
رئیس قوه مقننه هم رحلت آیت‌الله العظمی حاج سیدموسی شبیری زنجانی را ضایعه‌ای سنگین و جبران‌ناپذیر برای حوزه‌های علمیه، جامعه روحانیت و عموم ارادتمندان مکتب اهل‌بیت عصمت و طهارت(علیهم‌السلام) دانست و نوشت: آن عالم وارسته، از برجسته‌ترین چهره‌های علمی و معنوی حوزه‌های علمیه در روزگار ما بود که عمر پربرکت خویش را در راه تفقه و ترویج دین، تحقیق و تدریس، تربیت شاگردان و پاسداری از معارف نورانی اهل‌بیت(ع) سپری کردند. دکتر محمدباقر قالیباف افزود: دقت کم‌نظیر علمی، ژرفای فقاهت، حافظه و احاطه گسترده بر میراث علمی شیعه، همراه با تواضع، ساده‌زیستی، صفای باطن، تقوا، اخلاق کریمانه و ولایتمداری، از ایشان شخصیتی کم‌نظیر و مورد اعتماد و احترام عالمان و مؤمنان ساخته بود. جایگاه علمی ایشان نیز پس از سال‌ها فقاهت و معنویت و جایگاه ممتاز ایشان در حوزه بر کسی پوشیده نیست. 
    پیام تسلیت مراجع
 آیت‌الله سیدعلی سیستانی، مرجع عالیقدر شیعیان در نجف اشرف نیز در پیامی نوشت: ارتحال مرجع عالیقدر فقیه اهل‌بیت عصمت و طهارت(علیهم السلام) آیت‌الله آقای حاج سیدموسی شبیری زنجانی (رضوان‌الله علیه) ضایعه‌ای دردناک و خسارتی عظیم است. 
وی با بیان این‌که آن بزرگوار که سراسر عمر پر برکت خود را در راه تحقیق و تعلیم سپری کردند، از بزرگان علمای اعلام و اساطین حوزه علمیه مبارکه قم و از مصادیق برجسته عالم ربانی بودند، افزودند: اینجانب با تأثر و تاسف فراوان این مصیبت بزرگ را به آستان مقدس حضرت ولی‌عصر (ارواحنافداه) و به حوزه‌های علمیه و به بستگان محترم آن فقید سعید به‌ویژه آقازادگان گرامی و مکرم‌شان و به عموم مومنین تسلیت عرض نموده و از خداوند متعال برای همگان صبر جمیل و اجر جزیل مسألت دارم. 
همچنین آیت‌الله مکارم شیرازی در پیامی نوشت: ارتحال فقیه فرزانه و مرجع وارسته، حضرت آیت‌الله آقای حاج سید موسی شبیری زنجانی (طاب ثراه) موجب تأثر و تأسف فراوان گردید.این مرجع عالیقدر شیعه با تاکید بر اینکه فقدان آیت الله شبیری زنجانی ضایعه‌ای سنگین برای حوزه‌های علمیه و جامعه مؤمنان است، افزود:بی‌تردید، آثار علمی و تربیتی و خدمات ارزشمند آن فقیه عالیقدر، باقیات الصالحاتی است در این دنیا که به فضل الهی زادالمعاد ایشان و مایه رفعت درجات در آخرت خواهد بود.
   جزئیات مراسم تشییع و تدفین 
مراسم تشییع و تدفین پیکر آیت‌الله شبیری زنجانی، مرجع عالی‌قدر شیعیان، فردا اول مهرماه در شهر مقدس قم برگزار می‌شود.  این مراسم از ساعت 9 صبح از مسجد امام حسن عسکری(ع) آغاز شده و پیکر این مرجع عالی‌قدر به سمت حرم مطهر حضرت فاطمه معصومه(س) تشییع خواهد شد و در جوار کریمه اهل‌بیت(س) آرام خواهد گرفت. 
مراسم تشییع و تدفین این مرجع عالی‌قدر همزمان با ایام رحلت شهادت‌گونه حضرت فاطمه معصومه(س) برگزار می‌شود. 
لازم به ذکر است مراسم وداع با پیکر مطهر آیت‌الله العظمی شبیری زنجانی(ره) همراه با ذکر توسل به اهل‌بیت عصمت(ع) و تلاوت قرآن، دیشب در دفتر معظم‌له برگزارشد.   به مناسبت ارتحال این عالم بزرگوار، سه روز عزای عمومی در استان قم اعلام شد و روز چهارشنبه اول مهرماه 1405، همزمان با برگزاری مراسم تشییع پیکر آیت‌الله العظمی شبیری زنجانی، در استان قم تعطیل عمومی خواهد بود.