از جمله نواقصی که کمیته بدوی اعلام کرده و مورد توجه AFC هم قرار گرفته مواردی است که هر دو باشگاه در آن مشترک هستند. به عنوان مثال، کنفدراسیون فوتبال آسیا برای صدور مجوز حرفه‌ای، مدارکی را نیاز داشته اما اسناد جدید نشان می‌دهد که هیچ کدام از این مدارک بارگذاری نشده است. ظاهرا دلیل این کار آماده نبودن مدارک و پایان یافتن مهلت ارسال آن بوده است. این در شرایطی است که پرسپولیس در این مدت تغییراتی در حوزه مدیریتی نداشته و مدیران آن نسبت به موضوع آگاهی کامل داشته‌اند. از سوی دیگر، گرچه باشگاه استقلال در فاصله چند روز به پایان مهلت یعنی در روز 3 مهر با تغییرات مدیریتی مواجه شده، اما طبیعتا مدیران قبلی این باشگاه از اسفند سال گذشته برای ارائه و تکمیل این مدارک فرصت
کافی داشته‌اند.
موضوع عجیب دیگری که در این سندها به چشم می‌خورد، این است که هر دو باشگاه بخشی از مدارک را بدون ترجمه و با همان زبان فارسی بارگذاری کرده‌اند. مثلا باشگاه استقلال پوشش بیمه ورزشی خود را بدون ترجمه فرستاده و پرسپولیسی‌ها نیز بخشی از مدارک خود را با زبان فارسی بارگذاری کرده‌اند. موضوع مالکیت مشترک دو باشگاه هم در نواقص پرونده پرسپولیس و استقلال مورد اشاره قرار گرفته که می‌توان گفت از حوزه اختیارات آنها خارج بوده و باید از سال‌های گذشته در این خصوص اقدامات لازم انجام می‌شد. طبق این نامه وزارت ورزش مالک 5/97 درصد استقلال و 98 درصد پرسپولیس اعلام شده است.
 باز هم نبود شفافیت
طبق اعلام کمیته بدوی، گزارش حسابرسی
دو باشگاه پرسپولیس و استقلال که می‌بایست تا تاریخ 31 خرداد انجام می‌شده، صورت نگرفته و ارائه نشده است.  این در حالی است که انجام حسابرسی جزو روال مرسوم باشگاه‌ها در هر فصل بوده و در این فصل هم با توجه به این‌که دو باشگاه در این مقطع از ثبات مدیریتی لازم برخوردار بوده و از سال گذشته مدیرعامل و سرپرست و البته  رئیس هیات مدیره در این سمت حضور داشته‌اند عدم تهیه‌، آماده‌سازی و ترجمه گزارش حسابرسی بسیار عجیب و سؤال‌برانگیز است. از طرف دیگر، موضوع زیان انباشته در نواقص مدارک هر دو باشگاه دیده می‌شود که لازم بود مدیرعامل و هیات مدیره در زمان مقتضی نسبت به افزایش سرمایه باشگاه با توجه به افزایش زیان انباشته اقدام می‌کردند که در این خصوص هم کوتاهی و اهمال صورت گرفته و مدارک لازم در این بخش ارائه نشده است. همچنین بدهی‌های مندرج در صورتجلسه مجمع باشگاه استقلال مورخ بهمن ماه سال 1399 با صورت‌های مالی خردادماه 1400 انطباق ندارد و این موضوع از دیگر ابهامات موجود در مدارک ارائه شده توسط باشگاه استقلال بوده است. با این شرایط مشخص می‌شود که کمیته بدوی فدراسیون فوتبال پس از پایان مهلت دو باشگاه در تاریخ 10 مهر، استقلال و پرسپولیس را فاقد شرایط و مجوز لازم برای حضور در لیگ قهرمانان آسیا دانسته است. حالا این سؤال مطرح می‌شود که چگونه کمیته استیناف صدور مجوز حرفه‌ای پس از این نامه، سه ماه به این دو باشگاه برای رفع نواقص فرصت داد‌؟!


در این میان، بخش‌هایی از نامه به جعل اسناد اشاره کرده که در این مقوله فقط باشگاه پرسپولیس دست به چنین اقدامی زده است. بر این اساس، قرارداد افسر امنیتی که با تغییر تاریخ در سامانه قرار گرفته، با فتوشاپ جعل شده است. عدم تطبیق تاریخ شروع قرارداد و سال مجوز حرفه‌ای باز هم به صورت جعلی و فتوشاپ، بخشی دیگر از ایرادهای وارده به باشگاه پرسپولیس را شامل می‌شود. علاوه بر این، موضوع بدهی به خارجی‌ها باز هم فقط مختص باشگاه پرسپولیس بود که به بدهی قطعی قرمزها به کالدرون و دستیارش اشاره کرده است. در زمانی که کمیته بدوی این ایرادها را مطرح کرد، پرسپولیس هیچ اقدامی برای پرداخت بدهی کالدرون انجام نداده بود.