به دنبال ایجاد شبهه از سوی برخی افراد درباره اصالت نامه‌های امام‌خمینی(ره) در خصوص آیت‌ا... منتظری و همچنین نهضت آزادی، موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(ره)، متن شهادت مكتوب حضرات آیات خامنه‌ای، هاشمی رفسنجانی و مشكینی بر صحت نامه 6فروردین 68 امام خمینی و توضیحات حمید انصاری، قائم مقام موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(ره) را در مورد تأیید اصالت نامه امام در خصوص نهضت آزادی در دادگاه منتشر كرد.
به گزارش جماران، در ارتباط با ابراز تردیدی كه نسبت به نامه مورخ 6/1/68 حضرت امام خمینی (خطاب به آیت‌ا... منتظری) اخیرا در برخی رسانه‌ها انتشار یافته است؛ چهار سند قاطع كه بیانگر شهادت صریح حاضران در جلسه شامگاه 6 فروردین سال 68 در حضور حضرت امام خمینی و مرحوم یادگار حضرت امام است، منتشر شده است.
با این توضیح كه این سندها، شهادت كتبی سه نفر از اعضای هیات رئیسه وقت مجلس خبرگان رهبری: حضرت آیت‌ا... خامنه‌ای، مرحوم آیت‌ا... مشكینی و مرحوم آیت‌ا... هاشمی‌رفسنجانی و همچنین اظهارات آیت‌ا... امینی است كه در همان روز 6 فروردین 1368 ـ در جلسه هیات رئیسه با حضور ایشان و آیت‌ا... طاهری خرم‌آبادی و آیت‌ا... مومن ـ درباره تصمیم حضرت امام و نامه ایشان بحث كرده‌اند و تصمیم گرفته می‌شود كه خدمت حضرت امام بروند.
حضرات نام برده به‌جز آیت‌ا... طاهری و آیت‌ا... مومن در شامگاه همان روز 6فروردین خدمت حضرت امام می‌رسند. در این جلسه كه مرحوم یادگار امام نیز حضور داشته است، مطالب این نامه و درخواست عدم‌انتشار و تعدیل آن مورد گفت‌وگوهای جدی قرار می‌گیرد.
در سال 1379 و 80، تولیت موسسه (حجت‌الاسلام و‌المسلمین سید‌حسن خمینی) طی نامه‌هایی از محضر این بزرگواران با اشاره به حضور ایشان در جلسه در محضر امام و با اشاره به تشكیك‌هایی كه در مورد اصالت این نامه از سوی برخی جریانات مطرح گردیده است، درخواست می‌كند تا «برای محروم نماندن آیندگان از حقیقت امر» شهادت خویش را مرقوم فرمایند. سه شهادت‌نامه مكتوبی كه در اینجا آمده است در پاسخ به این درخواست مرقوم شده است.
صراحت متن این سه مرقومه در اثبات اصالت نامه 6/1/68 حضرت امام‌خمینی بی نیاز از هرگونه توضیح است.

متن سند شماره 1ـ مرقومه رهبر معظم انقلاب اسلامی، حضرت آیت‌ا... خامنه‌ای (دام ظله):
بسمه تعالی
با سلام و تحیت در شب هفتم فروردین 68 اینجانب و حضرات نامبرده بالا در خدمت حضرت امام راحل قدس‌ا...‌روحه بودیم و بیشترین گفت‌وگو درباره آن نامه بود و این‌كه از رسانه‌ها پخش بشود یا نه و سرانجام تصمیم نهایی امام این شد كه نامه پخش نشود و فقط برای مخاطب نامه فرستاده شود. ساعتی قبل از آن هم فرزند گرامی امام مرحوم حجت‌الاسلام‌والمسلمین آقای حاج احمد‌آقا متن نامه را برای نامبردگان قرائت كردند. صدور آن نامه از ذهن و قلم شریف امام جای كمترین 
تردید نیست.
والسلام علیكم
سید‌علی خامنه‌ای 22/10/79

متن سند شماره 2 ـ مرقومه آیت‌ا... علی مشكینی(ره):
بسم‌ا... الرحمن الرحیم
پس از اهداء سلام و تحیات، در اوایل فروردین 68 شبی در حضور امام راحل قدس سره با نامبردگان فوق بودیم و صحبت در اطراف انتشار و عدم انتشار نامه مزبور بود و از معظم‌له درخواست عدم انتشار و یا تخفیف مفاد آن می‌شد و اگر كسی در آن حال سخنان ایشان را درباره آقای منتظری می‌شنید نه فقط یقین می‌كرد كه نامه نامه ایشان است بلكه یقین می‌كرد كه ایشان در نوشتن نامه ارفاق نموده و رعایت برخی از مصالح را كرده است، و در واقع «سبقت رحمته غضبه» و به هرحال بنده می‌دانم و شهادت می‌دهم كه نامه فوق‌الذكر نامه معظم‌له و مطالب آن منظور ایشان بوده و اگر كسی شك دارد «قل هاتوا برهانكم ان كنتم صادقین»
و السلام علیكم و رحمه‌ا...
 الاقل علی المشكینی 31/1/80
متن سند شماره 3 ـ مرقومه آیت‌ا... اكبر هاشمی رفسنجانی(ره):
بسم‌ا... الرحمن الرحیم
عصر آن روز دفتر امام(ره) از من و آیت‌ا... خامنه‌ای خواسته بود كه این نامه امام را به قم ببریم و به دست آقای منتظری برسانیم و هیات رئیسه مجلس خبرگان در دفتر اینجانب جلسه داشت برای تصمیم‌گیری در مورد تشكیل جلسه خبرگان به منظور اجرای دستور امام در‌خصوص عزل آقای منتظری.
حضار آقایان فوق‌الذكر به اضافه آقایان مومن و طاهری خرم‌آبادی بودند. به اتفاق آراء با ابلاغ چنین نامه تندی و نیز تشكیل جلسه خبرگان موافق نبودند، تصمیم گرفتیم كه به جماران برویم و نظرمان را به محضر امام بگوییم و هروقت به دفتر امام رسیدیم و امام اجازه ملاقات دادند یادگار امام هم به جمع ما پیوستند.
از امام درخواست كردیم كه از ارسال نامه خودداری فرمایند امام نپذیرفتند و سپس درخواست شد كه از اعلان متن نامه منصرف شوند كه فقط پذیرفتند تا فردا منتشر نشود و سپس هنگام طلوع فجر فرستاده امام به خانه اینجانب آمد و گفت امام فرموده‌اند نامه از صدا و سیما پخش نمی‌شود، و توسط فرد دیگری برای آقای منتظری ارسال می‌شود.
اكبر هاشمی 11/2/80
ضمنا آیت‌ا... هاشمی رفسنجانی علاوه بر شهادت مكتوب فوق، در خاطراتش نیز جریان این جلسه و مسائل آن را بازگو كرده است.

سند شماره 4ـ اظهارات آیت‌ا... امینی:
متن اظهارات و شهادت شفاف آیت‌ا... امینی در همین ارتباط نیز به عنوان سند چهارم - به شرح ذیل - بی‌نیاز از توضیح است:
من و آقای هاشمی و آقای خامنه‌ای و آقای مشكینی به سمت جماران حركت كردیم و ساعت 9 شب به آنجا رسیدیم. حاج احمد‌آقا باز هم تكرار كرد كه گمان نمی‌كند امام در این وقت شب به كسی اجازه ملاقات بدهند، با این همه به اطلاع ایشان خواهد رساند. بعد هم نسخه‌ای از نامه امام را به آقای هاشمی داد و ایشان نامه را خواند. تلخی ناشی از اندوه و عاطفه و حسرت امام و در عین‌حال لحن قاطع ایشان، چنان تأثیر عمیقی روی روح و روان من گذاشت كه هنوز هم وقتی خاطره آن لحظه را به یاد می‌آورم، به‌شدت متأثر می‌شوم.
حاج احمد‌آقا برگشت و گفت كه امام برای ملاقات تشریف می‌آورند. ساعت حدود نه و نیم بود. كه خدمت ایشان رسیدیم. ابتدا آقای هاشمی با لحن ملتمسانه‌ای گفت كه ما همواره در هنگام بروز مشكلات بزرگ از شما كمك گرفته‌ایم، حالا هم فكر می‌كنیم انتشار این نامه و عزل آقای منتظری برای نظام عواقب ناگواری داشته باشد. حالا هم از شما می‌خواهیم در این باره عجله نكنید، شاید در آینده راه حل بهتری پیدا شود. برای تشكیل اجلاس خبرگان هم شتاب نكنید و اجازه بدهید جوانب امر را دقیقا بسنجیم و خدمت شما عرض كنیم، بعد از آن هر امری بفرمایید اطاعت خواهیم كرد. بعد هم آقای مشكینی و آقای خامنه‌ای نكاتی را بیان كردند.
امام در حالی كه آثار اندوه در چهره‌شان آشكار بود، فرمودند: «من درباره عواقب و جوانب این امر كاملا فكر كرده و تصمیم خود را گرفته‌ام و چون و چرا هم ندارد. من گفته بودم كه متن نامه مرا در اخبار بخوانند، اما كوتاهی شد. من از ابتدا با انتخاب ایشان مخالف بودم، اما نخواستم در كار خبرگان دخالت كنم. گفته‌ام كه در تمام ادارات عكس ایشان را جمع كنند. تشكیل اجلاس خبرگان هم ضرورت ندارد و خودم رأساً ایشان را خلع می‌كنم. امام می‌خواستند مسؤولیت این كار را شخصا به‌عهده بگیرند. به آقای هاشمی و آقای خامنه‌ای هم فرمودند كه لازم نیست شما نامه عزل آقای منتظری را ببرید، می‌دهم كس دیگری ببرد، شما هم دیگر برای دیدار با ایشان به قم نروید.»  (در گفت‌وگو با مجله پاسدار اسلام)
​​​​​​​
 رد شبهات درباره نامه مرتبط با نهضت آزادی
همچنین حمید انصاری، قائم مقام موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(ره) در خصوص نامه مربوط به نهضت آزادی و رد هرگونه شبهه‌ای نسبت به اصالت این نامه و صدور آن از سوی حضرت امام توضیحات مبسوطی داده است كه در بخشی از آن آمده است:
در همان ایامی كه پس از رحلت حضرت امام، تشكیك در مورد نامه ایشان به وزیر كشور (درخصوص نهضت آزادی) از سوی مسؤولان نهضت مطرح گردید و حتی تهمت جعل آن را به مرحوم یادگار امام مطرح كرده و همراه با مطالبی كذب منتشر كردند، موسسه از جنبه عمومی و مرحوم یادگار حضرت امام (به عنوان شاكی خصوصی) رسما شكایت كردند. با آن‌كه به لحاظ حكم صریح (17 شهریور 67) امام خمینی و نصّ قانون، اعلام نظر موسسه در مورد اصالت نامه برای دادگاه كفایت می‌كرد، با تأكید مرحوم یادگار امام برای رفع هرگونه شبهه‌ای، مراتب كارشناسی خط و امضای نامه مذكور توسط كارشناسان رسمی تشخیص خط از سوی دادگستری با استفاده از دستگاه و ابزاری كه همراه داشتند به عمل آمد كه گزارش تصدیق آن در پرونده مربوط ثبت شده است. 
حقیر به عنوان نماینده نهاد شاكی در جوار یادگار حضرت امام (رحمه‌ا... علیه) كه نسخه اصل نامه را همراه با نمونه‌هایی متعدد از دستخط‌های امام راحل جهت تطبیق و بررسی كارشناسان اعزامی به ایشان ارائه كردند، حضور داشتم. بنابراین، این‌كه بعضا گفته‌اند كه دادگاه به درخواست كارشناسی اعتنا نكرده است صددرصد خلاف‌واقع می‌باشد.