آیین‌نامه جدید داروخانه‌ها که کار تدوین آن از خرداد سال گذشته شروع شد، می‌گوید انحصار تاسیس داروخانه‌ها شکسته و همه ضوابط و امتیازات برای تاسیس آن حذف شده است. نتیجه این عمل منتج به ارائه خدمات دارویی در دسترس‌تر می‌شود. به جز این اما در آیین‌نامه جدید تأسیس داروخانه به جای گنجاندن امتیازات علمی موارد اقتصادی مانند ذکر مساحت داروخانه، متراژ اتاق مشاوره، انباری، پارکینگ، سالن انتظار، دستگاه نوبت‌دهی و سایر موارد، وارد شده است تا زمینه نگاه اقتصادی به داروخانه‌ها اتفاق بیفتد. 
 آیین‌نامه مشکل ساز
 از همان ابتدای انتشار متن آیین‌نامه جدید، همه داروسازان و کارشناسان حوزه سلامت، هشدار دادند روزی فرا خواهد رسید که این آیین‌نامه به آفتی برای نظام سلامت تبدیل شود. حالا اما هنوز عمر اجرای شدن آیین‌نامه به یک سال هم نرسیده ، نشانه‌های آن قابل رویت است. آن‌طور که شهاب الدین جنیدی، عضو هیات مدیره انجمن داروسازان تهران توضیح داد، در آیین‌نامه جدید به فاصله جغرافیایی تاسیس داروخانه‌ها توجه نشده است، بنابراین در پنج‌سال آینده شاهد خالی شدن مناطق محروم و کمتر برخوردار کشور از وجود داروخانه‌ها خواهیم بود. 
او هشدار داد اگر در مناطق مرکزی و شمالی کلانشهرها تردد کنیم، شاهد تعداد زیادی داروخانه‌ هستیم. شاید این نکته از نگاه برخی شهروندان که تایید کننده دسترسی به امکانات است، خوشایند باشد اما تاسیس بی حساب و‌کتاب داروخانه می‌تواند برای نظام سلامت کشور  مشکل ساز باشد. 
سیدحمید خویی، رئیس انجمن داروسازان تهران با اشاره به آیین‌نامه جدید تأسیس داروخانه‌، تاکید می‌کند این آیین‌نامه باعث بروز مشکلاتی شده است. 
او اضافه کرد: «نگاه مجریان قانون و برخی قانون‌گذاران این است که داروخانه، محل فروش داروست. در حالی که در حقیقت داروخانه، مرکز ارائه خدمات دارویی است.» بنابراین تاسیس بی‌حساب و کتاب داروخانه اتفاق می‌افتد که عملا به معنی القای مصرف بی‌رویه  داروست، چراکه تصور این است داروخانه باید دارو بفروشد و داروخانه‌ای که دارو می‌فروشد، کمتر می‌تواند در مناطق کم برخوردار دارو بفروشد، بنابراین اشباع داروخانه‌ها در مناطق مرفه‌نشین بیشتر و مناطق کم‌برخوردار از حضور داروخانه‌ها محروم می‌شوند. 
 امتیازدهی بی حساب
در آیین‌نامه قدیمی آمده بود، داروسازی که قصد تاسیس داروخانه در شهرهای بزرگ را داشت، باید سال‌ها در شهرهای کوچک و روستاها خدمت و به‌اصطلاح امتیاز جمع می‌کرد. هرچه منطقه‌ای محروم‌تر بود، امتیاز داروساز جوان هم بیشتر می‌شد. این قانون انگیزه‌ای بود تا داروسازان در مناطق دورافتاده و محروم خدمت کنند تا بعد بتوانند در شهرهای برخوردار داروخانه تاسیس کنند. سیدعلی فاطمی، نایب رئیس انجمن داروسازان ایران با اشاره به آیین‌نامه جدید توضیح داد: «با آیین‌نامه جدید شرط خدمت در مناطق محروم برداشته و با یکسری معیارهای مادی جایگزین شد به طوری که اگر داروخانه‌ای بزرگ‌تر باشد و امکانات تاسیساتی مانند پارکینگ و بالابر داشته باشد، امتیاز بیشتری می‌‌گیرد.» 
این موضوع باعث می‌شود داروسازان بسیاری از شهرهای کوچک به شهرهای بزرگ مهاجرت کنند و عملا شهرهای کوچک خالی از داروخانه ‌شود. از طرف دیگر تأسیس داروخانه هم در شهرهای بزرگ به‌صورت بی‌ رویه زیاد می‌‌شود. با این اقدامات مشکل مردم حل نمی‌‌شود. مردم به جای این‌که به ۱۰ داروخانه مراجعه کنند و داروی مورد نیازشان را پیدا نکنند، تمایل دارند که در اولین داروخانه دارو را پیدا کنند.
فاطمی تاکید کرد: «به جای این‌که داروی مورد نیاز داروخانه‌‌های فعلی تأمین شود، تعداد داروخانه‌‌ها بیشتر می‌شود بدون این‌که بازار و میزان دارو افزایش پیدا کند یا سهم داروخانه‌های دولتی افزایش یابد. شاهدیم که هر روز داروخانه‌‌های دولتی شعبه می‌‌زنند، این راه ‌حل مشکلات ما نیست. باید به‌جای تقویت داروخانه‌‌های دولتی، داروخانه‌های خصوصی را تقویت کرد.»